Com a urbanização do Morro do Boa Vista, a cobertura vegetal foi alterada devido a supressão da vegetação para fins agrícolas, extração de madeira e lenha da floresta, extrativismo de outros produtos, como a caça e o palmito. A medida que a população aumentava, as vertentes do morro eram ocupadas pelo cultivo de alimentos e pastagens.
Considerado como um marco de referência na paisagem joinvilense , o Morro do Boa Vista era, originalmente, coberto pela Floresta Atlântica Ombrófila Densa, capaz de abrigar uma grande variedade de espécies animais, tais como onças, antas, veados e, em especial pássaros, inclusive em rota migratória
Após sucessivos desflorestamentos, a floresta do Boa Vista apresenta-se, atualmente, em adiantado estado de regeneração, com uma apreciável biodiversidade, típica dos processos dinâmicos de recuperação natural das florestas tropicais, na qual vários grupos de espécies da flora e fauna se sucedem no tempo, em direção ao estágio clímax, de máximo desenvolvimento da floresta. Nas bordas da mata, que apresentam maior grau de degradação, podemos observar uma vegetação constituída de gramíneas, samambaias e outras espécies mais aptas ao ambiente adverso, caracterizando o estágio inicial do processo de regeneração florestal. À meia encosta, nas áreas perturbadas por sucessivos desflorestamentos, apresentam-se um mosaico de estágios médios de regeneração, representados por formações de jacatirão (Tibouchina SP ), guapuruvu, erva de anta, bacupari, cedro, canela, cipós e grande variedade de epífitas.
A floresta do Morro do Boa Vista tem grande importância sócio-econômica, ecológica e ambiental para o Município. Entre fatores de sustentabilidade que a floresta agrega ao ambiente urbano, podemos citar: amenização climática, depuração do ar, estabilidade geomorfológica, proteção dos recursos hídricos - estima-se que mais de 5.000 pessoas se abasteçam das inúmeras fontes de água do morro, amenizando o problema do abastecimento público local, que é crítico em épocas de seca , subsídios didáticos e científicos, além de lazer, patrimônio cênico e turístico.
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